Будут ли считаться клонами 2 сайта идентичного содержания и ассортимента, но нацеленного на разные страны (разные только контакты, валюта и доменная зона)? Можно ли так делать для интернет-магазинов? Будут ли негативные последствия?
Сайты одного интернет-магазина под разные страны не будут считаться полными дублями друг друга, т.к. страницы листингов и карточки товаров естественным образом отличаются друг от друга за счёт разной цены, вхождения топонимов в текстовых частях страницы, условий и способов доставки, отзывов региональных клиентов.
При этом все региональные сайты можно перелинковать между собой. Так вы улучшите ссылочный профиль сайтов. Для перелинковки рассмотрите вариант с плашкой-переключателем в хедере сайта или указанием стран в футере. Такие варианты наиболее удобны и привычны для пользователей
Также используем атрибут Hreflang для сайтов под разные страны. Так вы покажите роботам ПС, что сайты являются региональными представительствами одной организации.
Санкций со стороны поисковых систем быть не должно, т.к. по схожему содержанию страниц, разным контактам, атрибута Hreflang, регионам, присвоенным в Я.Вебмастере, ценам и другим факторам различия боты определят сайты как региональные версии одного ИМ.