Для того, чтобы понимать откуда берется такая разница, нужно разобраться в определениях, что эти частоты означают.

Базовая частота — представляет собой сумму частот всех фраз, где встречаются слова из запроса во всех возможных словоформах и в любом порядке. Например, запрос “pbn сетка сайтов” может иметь разные окончания/словоформы и могут входить дополнительные слова, то есть сюда войдут фразы: «pbn сеть сайтов», «pbn сетка для яндекса». Частотность равна 139 показов в месяц.

Фразовая частота, она же частота в “” — отображает частотность запросов в которых содержатся лишь указанные слова в различных словоформах и за промежуток 30 дней.
Следовательно, если в запросе будет недоставать какого-то слова, то запросы заключенные в кавычки могут принимать значения близкие к нулю. Например "pbn сетка сайтов" заключенные в кавычки уже будут иметь частотность 33 показа в месяц

Есть еще уточненная частота, она же частота запроса “!” — это частота заключенная в кавычки и с восклицательным знаком возле каждого слова. В таком случае исключается дополнительные слова в запросе и исключается склонения. Следовательно, если в наборе слов, по заданной форме будет не хватать ещё запроса или будет стоять неправильное склонение, то частота запроса может быть 0. Например "pbn !сетка !сайтЫ" уже имеет частотность 0. Это единичный запрос, так не ищут

Поэтому если видите, что у запроса базовая частота несколько тысяч, а фразовая или точная частота будет 0, это может говорить о том, что запрос написан некорректно и нужно поправить окончание или может не хватает какого-то уточняющего слова.