Лучшим вариантом продвижения под Яндекс будут поддомены, так как основная часть поисковой выдачи занята либо региональными сайтами, либо поддоменами.
В Google по региональным запросам хорошо ранжируются папки, т.к. вес основного домена играет большую роль

Если реализовать поддомены не выходит, вы можете использовать следующие варианты:

Создание страниц подпапок по регионам. При такой реализации можно полностью сделать страницы геозависимыми

Важно сделать такие страницы максимально уникальными. Не достаточно менять только топоним. Если мы сделаем схожие страницы, то можем получить некачественные страницы, что будут плохо ранжироваться по регионам

Уникализировать такие страницы можно через добавление таблицы с уникальными ценами для данного региона, добавление региональных новостей и акций на страницы. Таким образом мы получим полезную страницы с достаточным количеством топонимов и интересным предложением для пользователей

Если создать подстраницы нет возможности, тогда можно использовать кнопочный переключатель, который будет менять название города в хедере и контакты в футере.
Но важно, чтобы регионы были указаны в коде и их мог видеть поисковый робот

Помимо этого, необходимо выполнить следующие пункты, для улучшения ранжирования сайта в региональной выдаче:

• Указать региональные контакты и номера телефона в хидер сайта.
  
• Добавить больше информации на страницы контактов: телефоны, адреса различных точек выдачи, адреса региональных офисов и т.д.
  
• Добавить все необходимые регионы в Яндекс.Вебмастере.
  
• Разместить компанию в региональных справочниках.
  
• Работать над поведенческими факторами. Проведите оценку вашего сайта со стороны пользователей, которые попадают на ваш сайт с данного региона