Не попаду ли я под фильтр аффилирования в Яндексе, если перелинкую между собой сайты?

Нет. Если оба ваших сайта ранжируются по разным запросам и это по факту два разных сайта, то проблем быть не должно. Проблемы могут быть, если у них будут общие запросы, когда условный сайт услуг попадет в ТОП, в котором уже находится условный интернет магазин. Но это маловероятно, если сайты разные. И даже если это произойдет по нескольким НЧ запросам, то в такой ситуации проблем быть не должно.

Если у вас сайты ранжируются по разным поисковым запросам, то вы можете смело проводить перелинковку.

Не подумают ли ПС, что это сетки PBN?

Нет, если это реальные сайты, которые делались не для того чтобы прокачать ссылкам продвигаемый сайт, то проблем быть не должно

Можно ли их между собой перелинковать.

Да. Главное старайтесь перелинковать их максимально естественно, чтобы ссылки на страницах дополняли содержимое и помогали пользователю. Плюс следите за тем чтобы вес между сайтами распределялся равномерно, если хотите усилить таким образом оба ресурса.

Рекомендуем начать их перелинковывать постепенно и отслеживать как это отразиться на позициях/трафике