Перелинковку между региональными поддоменами интернет-магазина нужно применять на сайте, т.к. она повышает удобство пользования сайтом для посетителей из разных регионов. Например, такие крупные сайты как zoon, irr. ru успешно применяют перелинковку на своих сайтах.
Обычно перелинковку между региональными поддоменами интернет-магазина делают через переключатель в шапке сайта для предоставления возможности выбора пользователем нужного города и этого достаточно