Согласно официальной справке Яндекс для вебмастеров, не все ссылки могут отображаться в Я.Вебмастер.
Инструмент по отображению обратных ссылок в Я.Вебмастере еще не доработан. Если страница донора проиндексирована, то ссылка на сайт учтена ПС

Причины по которым не все внешние ссылки отображаются в Я.Вебмастере:

1. Страница, на которой расположена ссылка на ваш сайт, неизвестна роботу.
   


2. Ссылка может вести на неглавное зеркало вашего сайта: по другому протоколу (HTTP или HTTPS), с префиксом www или без него.
   


3. Если на ресурсе размещено несколько ссылок, которые ведут на одну и ту же страницу вашего сайта и содержат одинаковый текст, то в Вебмастере отобразится только одна из этих ссылок
   

4. Ссылка оформлена как строка текста, то есть по ней нельзя перейти, кликнув мышью (например, example.com ).
   


5. Ссылка не ведет непосредственно на ваш сайт, а делает это через промежуточную страницу с редиректом (в том числе ссылка из социальной сети).
   


6. Ссылка появилась на странице недавно. Робот еще не проиндексировал эту страницу