Если у Вас уже реализованы поддомены для регионального продвижения, то подпапки лишние.

? Лучше работайте поддоменами и при этом уделяйте внимание:

?внутренней оптимизации (достаточно ли топонимов на странице)
?коммерческим факторам (достаточно ли факторов, подтверждающих надежность магазина)
?региональность (присвоен ли регион в Яндекс.Вебмастере).