Если вы используете 301 редирект сразу с поддомена на домен, то вероятнее всего он даже не ранжируется в выдаче
Если вы настроили редирект где то внутри категорий, например перенаправление с карточек товара на основной домен, тогда вы сами обрывает сессию.
Поисковый робот получает сигнал, что сессия оборвалась, а пользователь так и не совершил покупку. В итоге идёт накопление негативных ПФ и как следствие проблемы с ранжированием