Да, если они не видны в Search Console, то можно считать, что Google не учитывает их.

Сотруднику Google Джону Мюллеру задавали подобный вопрос:

«Почему Google может показывать не все ссылки на сайт в соответствующем отчете Search Console».

По словам Мюллера, те ссылки, которые не отображаются в Search Console обычно «нерелевантны».

На дополнительный вопрос одного из участников беседы: «Так возможно ли, что ссылки негативно повлияют на сайт, даже если они не перечислены в Search Console?»

Мюллер ответил: «Обычно, если наши системы не показывают их там, то они в целом нерелевантны».

Однако, если вы полагаете что к вашему сайту могут быть приняты вручную меры из-за искусственных ссылок на него, вы можете попытаться отклонить не качественные ссылки с помощью инструмента Google «Отклонение обратных ссылок»

Если вы хотите нарастить качественную ссылочную массу, то самый лёгкий способ это сделать — проанализировать доноров конкурентов.