В первую очередь в сквозных блоках нужно разместить ссылки на страницы, к которым необходим доступ для пользователей в один клик.

Условно по месторасположению на страницах сквозные блоки можно разделить на:

1. header
   
2. меню
   
3. sidebar
   
4. footer
   

Нужно понимать, что в зависимости от тематики и типа сайта, набор ссылок для сквозных блоков может очень сильно отличаться.
За правильно реализованную сквозную перелинковку санкции не накладываются. В типовом варианте коммерческого сайта сквозные ссылки могут быть следующими:

Для header (шапки) выводятся ссылки на важные для пользователя страницы:

• Главная (логотип)
  
• Контакты
  
• О компании
  
• Доставка и оплата
  
• Филиалы
  
• Как сделать заказ
  
• Личный кабинет
  
• Корзина
  
• Ссылки на группы в соц. сетях и др.
  
• контактные номера телефонов
  
• график работы
  
• кнопка - обратный звонок
  

В sidebar (боковая панель) можно вывести ссылки на страницы, которые нужно быстро проиндексировать или реализовать:

• Новинки
  
• Акции
  
• Распродажа
  

В footer (подвал) сайта выносят ссылки на второстепенные служебные страницы, иногда дублируя важные ссылки с header:

• О компании
  
• Филиалы
  
• Вакансии
  
• Партнерам
  
• Условия использования сайта
  
• Вопросы и ответы
  
• Гарантии
  
• Варианты оплаты
  
• Условия программ лояльности
  
• Блог
  
• информацию о официальном представительстве
  
• информацию о системах онлайн оплаты
  
• контактную информацию службы поддержки
  

Не забывайте про элементы доверия к сайту.
В “подвале” стоит выводить ссылки на информацию о правилах использования сайта, о куках, о политике конфиденциальности и хранения личных данных.
Так же в footer можно вынести ссылки на важные для продвижения разделы сайта. Но сейчас данный подход работает менее эффективно, как раньше