Яндекс, переходы по запросам которых нет в выдаче

Причиной переходов по данным запросам является персонализация выдачи Яндекса (yandex.ru/company/technologies/personalised_search/) и географическое расположение пользователя (yandex.ru/company/technologies/regions/)

Поисковая система выстраивает ТОП исходя из истории запросов пользователя и сайтов, которые он посещал последние два месяца и за неделю. Таким образом на фактический ТОП пользователя влияют как долгосрочные так и краткосрочные интересы

Также выдача по многим коммерческим запросам для крупных городов и разных регионов отличается, поэтому запросов, по которым вы видете переходы, нет в ТОП при ручной проверке
В Метрике стоит проверить регион перехода: в отчете «Поисковые запросы» под графиком в блоке «Группировки» выбираем «Город»
В итоге зная дату посещения вы легко определите с какого региона и по какому запросу был переход в поиске Яндекса

Переходы из поиска в Яндексе могут быть по изображениям, которые оптимизированы под данный запрос. Чтобы убедиться в этом – проверьте выдачу по запросам для картинок